Une diversité encore méconnue au sein des biofilms à Cyanobactéries benthiques dans les rivières - Université Pierre et Marie Curie Accéder directement au contenu
Poster De Conférence Année : 2013

Une diversité encore méconnue au sein des biofilms à Cyanobactéries benthiques dans les rivières

Résumé

Benthic cyanobacteria grow as biofilms in some shallow rivers. In still poorly understood environmental conditions, cyanobacteria biofilms can proliferate and constitute health risks for humans and animals. In fact, some species can produce neurotoxins that are responsible each year of animals’ death. Within biofilms, cyanobacteria coexist with a large diversity of microorganisms such as diatoms, green algae and bacteria. To better understand the dynamics of the biofilm development, the determinism of the blooms and the toxin production, we follow two French rivers (the Loue and the Tarn). The main issues addressed here were to describe the structure and composition of the cyanobacteria biofilms in the Loue river and assess the evolution of the microbial composition at different sampling dates and sites in relation to the environmental conditions.
Les cyanobactéries benthiques se développent sous forme de biofilms au fond de certaines rivières peu profondes. Dans des conditions environnementales encore mal connues, elles peuvent proliférer et poser des problèmes sanitaires car certaines espèces produisent des neurotoxines qui sont responsables, chaque année, de la mort d’animaux en France et dans d’autres pays. Au sein des biofilms, les cyanobactéries cohabitent avec d’autres producteurs primaires (diatomées et chlorophycées principalement) mais aussi avec d’autres bactéries. Pour mieux comprendre la dynamique du développement des biofilms ainsi que le déterminisme des proliférations et la production de toxines, nous développons des travaux sur deux rivières françaises, la Loue et le Tarn. Les deux questions principales abordées sont (i) de déterminer quelles sont les conditions environnementales qui favorisent la dominance des cyanobactéries dans les biofilms et conduisent à leur prolifération, et (ii) d’évaluer la composition et la diversité de ces biofilms à cyanobactéries et de rechercher s’il existe des associations privilégiées au sein des biofilms, entre les cyanobactéries et les autres microorganismes présents. L’utilisation d’une sonde spectrofluorimétrique, combinée à des échantillonnages classiques, a tout d’abord montré que les biofilms de la Loue étaient le plus souvent composés d’une association entre des cyanobactéries et des diatomées, dont les biomasses relatives et absolues varient en fonction de paramètres environnementaux, telles que la nature du substrat et la vitesse du courant. Par une approche moléculaire (pyroséquençage 454 sur un fragment d’ARNr 16S), il est apparu que la composante bactérienne de ces biofilms présente une très grande diversité, même si les protéobactéries (56%) et en particulier les alphaprotéobactéries (43%) dominent toujours ces communautés. Parmi ces dernières, les OTU les plus abondantes appartiennent au genre Rhodobacter (8%), qui est connu pour posséder des capacités métaboliques très diverses, dont celle de réaliser la photosynthèse. Ce résultat suggère que ces bactéries contribuent significativement à la production primaire dans cette rivière, en complément des cyanobactéries et des microalgues. Enfin, des variations spatiotemporelles ont été observées dans la composition de ces biofilms en liaison avec leur origine géographique et les dates de prélèvement. Une approche similaire à celle réalisée sur les communautés bactériennes est en cours d’analyse sur la communauté de microeucaryotes (pyroséquençage d’un fragment d’ARNr 18S). Elle devrait nous permettre de mieux connaître cette communauté et d’identifier des associations entre bactéries et eucaryotes.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-04080932 , version 1 (25-04-2023)

Identifiants

  • HAL Id : hal-04080932 , version 1

Citer

Anouk Zancarini, Isidora Echenique-Subiabre, Didier Debroas, Catherine Quiblier, Jean-François Humbert. Une diversité encore méconnue au sein des biofilms à Cyanobactéries benthiques dans les rivières. Génomique Environnementale, Nov 2013, Rennes, France. ⟨hal-04080932⟩
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